З цього моменту розпочалось формування Збройних сил України і відповідно військових навчальних закладів незалежної України. Управління військових навчальних закладів очолив полковник Прокофьев Ю.М. (начальник навчальної частини Київського вищого танкового інженерного училища), а його заступником - полковник Нещадим М.І. (начальник навчальної частини Київського вищого інженерного училищу зв’язку ім. М. Калініна). На спадок Україні залишилось велика система вищих військово-навчальних закладів, військових кафедр та інших військово-навчальних підрозділів та більш ніж мільйонне угрупування військ. Зрозуміло, що Україні така чисельність Збройних сил не потрібна і відповідно не потрібна така кількість військово-навчальних закладів. Також концептуально було прийнято рішення про створення системи середніх навчальних закладів з військовою спрямованістю навчання та виховання на базі шкіл-інтернатів та військово-навчальних закладів, які розформовувалися.

Для розроблення  установчих документів начальник управління наказав начальнику Київського суворовського військового училища (єдиного на території України навчального закладу такого типу) генерал-майору Сидорову В.П.  створити робочу групу для розроблення Концепції та Положення про такі навчальні заклади. Очолити робочу групу було запропоновано начальнику навчального відділу училища полковнику Попельському В.В. Але він прийняв для себе остаточне рішення - повернутися до Білорусії, на свою Батьківщину.

Очолити групу було наказано полковнику Яцині В.І. В грудні 1991 року він  був викликаний на засідання до начальника управління військової освіти, на якому були визначені основні напрямки Концепції. Було прийнято рішення й щодо нової назви навчальних закладів, які створювалися. Після тривалих дискусій вирішили - "ліцей", тому що в світовій практиці класифікації навчальних закладів було відсутнє визначення "училище". При   цьому ліцей розглядався, як середній навчальний заклад, який забезпечував безперервний зв’язок середньої освіти з вищою.

В березні 1992 року на розширеному засіданні Управління військової освіти (на той час управління перебазувалося на вул. Пархоменка (нині Дегтярівська) Концепцію та Положення про військові ліцеї  було прийнято за основу. В подальшому роботу над Концепцією та Положенням продовжили полковники Заболотний В.Д. та Яцино О.В., які були призначені на відповідні посади в сформованому Управлінні військової освіти.

У відповідності до рішення Міністра оброни на базі Львівської та Криворіжської щкіл-інтернатів створювалися військові ліцеї, а на базі Донецького військово-політичного училища та Чернігівського училища військових льотчиків відповідно Донецький та Чернігівський військові ліцеї.

Київське суворовське військове училище завершувало 1991-92 навчальний рік та готувалося до нового навчального року, не знаючи про те, яка загроза над ним нависла. Був розроблений новий навчальний план на 1992-93 навчальний рік. І коли, в квітні 1992 року,  повезли його на затвердження, то було повідомлено, що училище завершує навчання суворовців, які залишилися, новий набір не проводиться і училище розформовується. Міністром оборони був виданий відповідний наказ про розформування та передачі  фондів училища Управлінню міжнародного співробітництва Міністерства оброни України та іншим підрозділам МО.

Зрозуміло, що після такого рішення розпочався великий супротив з боку випускників училища, педагогічного колективу, громадськості. Ніхто не міг навіть собі уявити  - скільки прихильників у училища. Полковник Прокофьев Ю.М. на засіданнях Управління освіти з обуренням заявляв, що Верховна Рада не приймає рішення "Про військову освіту", доки в ньому не буде позитивного рішення щодо Київського суворовського військового училища. Підполковник Токарев В.(голова Ради офіцерського зібрання) спрямовував дії офіцерського складу, полковник Яцина В.І. - випускників-суворовців і через Міхеєва В. (в той час працював в управлінні державного зв’язку і мав доступ до вищого керівництва держави)  готував документи щодо визначення подальшої долі училища. Наказ Міністра оборони був відмінений.

Так, завдячуючи спільним зусиллям, а перш за все авторитету та високим досягненням, яке мало Київське суворовське військове училище, в Постанові Верховної Ради України "Про військову освіту" з’явилося речення  - "Київське суворовське військове училище реформувати в Київський військовий ліцей".  Але вдалося відстояти не все. Будівля управління, кабінети фізики, біології та все праве крило першого поверху було віддано Управлінню міжнародного співробітництва МО України.

Так розпочалася історія Київського військового ліцею, правонаступника Київського суворовського військового училища. З певними складнощами почав налагоджуватися навчальний процес, удосконалювалася навчально-матеріальна база ліцею. В 1998 році в місті Боярка був відкритий структурний підрозділ ліцею - навчально-оздоровчий комплекс, де навчалися вихованці 8 та 9 класів. В 1999 році, завдячуючи Міністру оборони  України генералу армії України Кузьмуку О.І., який дуже прихильно ставився до дітей у погонах, була капітально відремонтована основна будівля ліцею. Ліцею було присвоєно почесне ім’я Івана Богуна.

Сонячний день 22 червня 2004 року не передвіщав нічого поганого. В цей день розпочиналися вступні іспити до ліцею. На КПП розпочалася реєстрація вступників, їх розподіл по групах і підготовка до перших випробувань. На 11 годину начальник ліцею генерал-майор Кравчук Л.В. терміново був викликаний до заступника Міністра оборони України Малюти М.Д. Від’їжджаючи він наказав полковнику Яцині В.І (секретар приймальної комісії) продовжити прийом вступників та розпочинати вступні випробування. Згідно до розкладу, об 11.00 розпочалися вступні випробування з фізичної підготовка, професійно-психологічний відбір та медична комісія. 

Коли начальник ліцею прибув з наради він наказав терміново зібрати всіх членів приймальної комісії і передав усний наказ (жодного письмового розпорядження з цього приводу в подальшому не було знайдено) - вступні випробування відмінити, вступників відправити додому, фонди ліцею передати Генеральному штабу, а ліцеїстів, які залишалися направити до Боярки для завершення навчання і в подальшому Київський військовий ліцей буде продовжувати існування в місті Боярка. Генерал-майору Кравчуку було суворо наказано - безумовно виконувати це розпорядження і не приймати ніяких інших дій під загрозою сурових кадрових покарань. Полковник Яцина В.І., такого наказу не отримував, та якби і отримав, то діяв би так, як діяв. Він відразу набрав номер телефону колишнього Міністра оборони України Кузьмука О.І., який на той час був Народним депутатом України. Олександр Іванович, не зважаючи на те, що  відбувалося засідання Верховної Ради, відповів. Полковник Яцина  В.І. доповів йому про ситуацію, що склалася з ліцеєм. Олександр Іванович перепитав ще раз - хто телефонує і відповів, що такого бути не може і це провокація та наказав щоб йому зателефонував начальник ліцею. Генерал Кравчук, незважаючи на можливі санкції, повів себе мужньо та зателефонував Олександру Івановичу.

Олександр Іванович відзначив, що якби ця інформація поступила до нього на півгодини раніше, то і проблему могли б вирішити відразу, тому що щойно  зійшов з трибуни Міністр оборони Е. Марчук. Але трохи запізнилися. Потім він довів інформацію, що отримав, до Верховної Ради і одноголосно було прийнято звернення Верховної Ради щодо підтримки Київського військового ліцею.

Але незважаючи на це "колотнеча" продовжувалася ще декілька днів. Обурені батьки вступників (зрозуміло, що не без координації з ліцеєм), відразу ж після того як їх дітей вигнали на вулицю, перекрили дорогу біля ліцею. Центр міста... Зрозуміло, що через декілька хвилин створилася величезна пробка, і обурені водії викликали ДАІ. Представники ДАІ, зрозумівши ситуацію, не стали втручатися, а запропонували - перекривати дорогу через кожні 30 хвилин на п’ять хвилин. Самі ж вони, разом з активістами,  допомагали перекривати рух. Невідомо які стягнення вони після цього отримали, але діяли як справжні громадяни. Всім було зрозуміло, що ніякий Генштаб не буде тут розміщуватися, а привабливий кусок землі в центрі міста впаде в чиїсь жадібні руки.  (Потім активістами були віднайдені схеми забудови містечка і хто за цим стояв).

Через декілька годин до ліцею прибули представники ЗМІ і в усіх вечірніх новинах був показаний сюжет про Київський ліцей. Вчителі та офіцери ліцею, перервавши відпустки, організували пікети біля Верховної Ради.

Наступного дня заступник Міністра оборони Малюта М.Д. та представник Адміністрації Президента Коваленко в клубі зібрали тільки батьків ліцеїстів, яких повинні перевести до Боярки для подальшого навчання та обіцяв їм всілякі пільги аби вони згодились завершити навчання в Боярці. Офіцерів, вчителів, випускників, багато з яких наділи військову форму з орденами та медалями, до зали не пускали. На КПП зібралася значна група журналістів, яких до зали також не пустили. Обурені журналісти затримали на КПП начальника Головного управління військової освіти і науки МО України генерал-майора Науменко М.І., якому прийшлось віддуватися за всіх.

Такі бурхливі події продовжувалися ще декілька днів. Але не був зламаний дух керівництва ліцею, педагогічного колективу, багато з членів якого працювали ще в суворовському училищі, та впевненість в тому що тут має виховуватися майбутнє України.

Чиїсь жадібні руки тимчасово прибрали, але все-таки кусок території вони відхватили.  Так, на території дитячого садочка, який належав військовому заводу "Арсенал", тенісних кортах, площадці для гри в городки та стоянці машин ліцею були збудовані багатоповерхові елітні будинки, які зараз як айсберг над "Титаніком",  нависають над ліцеєм.

Наприкінці липня був проведений набір до ліцею і продовжились повноцінні навчальні заняття.

Це тільки два маловідомі факти з історію училища та ліцею, з них необхідно робити висновки. Ще дуже багато жадібних рук, яким байдуже майбутнє Держави, а власне збагачення у них на першому плані. Як в народу кажуть - "Бог трійцю любить".  Два замахи відбулося і дуже хотілось би, щоб це прислів’я не справдилось.

Розуміння того, що справжня державницька еліта виховується з дитинства і корупція повинна викорінюватися ще на генетичному рівні - це основа для переформатування підходів до формування справжньої, національно-свідомої, патріотично налаштованої, відповідальної еліти України. Це основа для переосмислення не тільки для "державних мужів", але й для педагогічних колективів ліцеїв.